入厂煤采样机有调试、手动和自动三种运行方式。
1. 自动工作方式：各机构之间的连锁与手动方式一样。采样操作全部在工控机上实现，车位、采样点自动随机生成；此方式为主要工作方式。
2. 手动工作方式：各机构之间有连锁，必须按顺序启停，采样头的升降、大小车的动作由操作人员人工操作。适用于对某一车煤进行重点抽查采样，指定采该煤车哪几点，操作人员快速采该几点。
1. 调试方式：各机构之间没有连锁，均可单独启停，主要用于调试和检修场合。
4. 机构连锁

连续动作机构的启动顺序依次为：液压站→螺旋给料机→破碎机→缩分器。停机的顺序与其相反。若其中某个机构有故障，则在工控机上出现故障提示；等处理完故障后才可以投入运行。